1、兩者的審計目標不同。民間審計（注冊會計師審計）目標是財報的合法性、公允性作出評價，而內(nèi)審的目的是評價和改善風險管理、控制和公司治理流程的有效性，幫助企業(yè)實現(xiàn)其目標。2、由于審計目標不同，故兩者關(guān)注的重點領(lǐng)域也不同。即便是兩者較大的相同點財報，注會與內(nèi)審的關(guān)注的重點不同。民間審計（注冊會計師審計）主要側(cè)重點是會計信息的質(zhì)量和合規(guī)性，也就是財報的合法性、公允性作出評價。而內(nèi)部審計主要側(cè)重點是合有效性、經(jīng)濟性、合規(guī)性。3、業(yè)務范圍不同。注冊會計師審計主要是財報審計，以財報審計拓展到代編財務信息，執(zhí)行商定程序、財務咨詢等活動。而內(nèi)部審計是以企業(yè)財務活動為基礎(chǔ)，拓展到以管理領(lǐng)域為主的一種審計活動。