注冊會計師審計與內(nèi)部審計在許多方面存在很大區(qū)別：1．兩者的審計目標不同。內(nèi)部審計主要是對內(nèi)部控制的有效性、財務(wù)信息的真實性和完整性以及經(jīng)營活動的效率和效果所開展的一種評價活動；注冊會計師審計主要對被審計單位財務(wù)報表的真實性（或合法性）和公允性進行審計。2．兩者獨立性不同。內(nèi)部審計為組織內(nèi)部服務(wù)，接受總經(jīng)理或董事會的領(lǐng)導(dǎo)，獨立性較弱。注冊會計師審計為需要可靠信息的第三方提供服務(wù)，不受被審計單位管理層的領(lǐng)導(dǎo)和制約，獨立性較強。3．兩者接受審計的自愿程度不同。內(nèi)部審計是代表總經(jīng)理或董事會實施的組織內(nèi)部監(jiān)督，是內(nèi)部控制制度的重要組成部分，單位內(nèi)部的組織必須接受內(nèi)部審計人員的監(jiān)督。注冊會計師審計是以獨立的第三方對被審計單位進行的審計，委托人可自由選擇會計師事務(wù)所。